遺産相続の内容について

考慮に入れなくていいものもあります。

相談がないまま支払がされたとしても、考慮に入れるものとそうでないものがあります。
例えば葬儀や墓地の費用などは、一般的な費用の範囲で行われたものであれば、亡くなられた方の財産から支払ってもかまわないと思います。

領収書や記録がないものについては、お坊さんのお経をあげてもらった謝礼などで、一般的な金額の範囲であれば、これも考慮にいれて良いとは思いますが、入れてほしくないものがあればそのように主張してかまいません。

また、改修費用を叔父さんが払っているからといって、払った金額をそのまま相続財産から引いていいわけではありませんよ。

若干内容が込み入っており、この場だけでは回答の難しいケースだと思われますので、お手元の資料を持って専門家に相談されることをオススメいたします。

土地と家屋については、登記簿謄本で権利関係を確認して下さい。
預金については、銀行などの入出金明細書で出入りを確認できます。こうした基礎作業が大事です。

【回答】
祖父の遺産については、祖母が二分の一、伯父が四分の一、あなたと兄(代襲相続人)がそれぞれ八分の一を相続したことになります。
次に祖母が亡くなったことで、祖母の固有の財産と祖母が祖父から相続した財産を伯父が二分の一、あなたと兄がそれぞれ四分の一を相続したことになります。
土地について-伯父名義とありますが、いつどのように所有権を取得したのか、土地の登記簿謄本で確認して下さい。
家屋について-これも登記簿謄本で、いつから共有となったのかを確認して下さい。
株式について-伯父の法定相続分としては、四分の一である筈なので、全部を伯父一人の名義にしたのは問題です。
家屋については、祖父と伯父が半分ずつの共有状態で祖父が亡くなった訳ですから、祖父の共有持分である二分の一が相続の対象となり、結果として、祖母が四分の一、あなたと兄がそれぞれ十六分の一、そして伯父が、従前の二分の一と相続した八分の一を足して八分の五という割合になります。
更に祖母が亡くなった時点で、祖母の分の共有持分四分の一が相続され、伯父に八分の一、あなたと兄にそれぞれ十六分の一が加わります。
結局、家屋については、伯父が八分の六、あなたと兄がそれぞれ八分の一の所有権を持つことになります。
家屋は伯父が独占的に使用しているので、理論的には、あなたと兄はその持分に応じた賃料相当額を伯父に請求することができますが、これは遺産分割の話し合いの中で調整すべきでしょう。
葬儀費用については、相続債務ではありません。祭祀承継者(喪主など)が負担するという見解と相続人が共同で負担するという見解があり、定まっていません。
文面からは、伯父が祭祀承継者になっているようですが、そうであれば、祖父が亡くなってから後に購入した仏具や墓地の費用は伯父が負担すべきでしょう。
なお、支出の有無やその金額については、領収書など客観的な資料に基づいて判定されるのが原則で、そうした資料がない支出は否定される可能性が高いでしょう。