兄が勝手に抵当に入れた母所有の不動産の相続

回答

相続手続きの歳に根抵当権がついてもなにも問題は生じません。ただ、寝抵当権が全く母の知らないところで勝手に設定されていたなら、寝抵当権の向こうの問題も発生しますが、場合によっては、無断設定した兄さまの刑事責任に発展する可能性もあります。

　相続自体を考えれば、これらの事情があったとしても問題はありません。（受け取るべき財産の価値が抵当権の負担の分低下しますが、手続上の問題は生じません。）
　所有者に無断で抵当権を設定したのであれば、それは別の話でこれが問題でしょう。本当に「知らない間」なのか、何らかの形でサインをしたのか等事情が分かりませんので、土地の登記等の資料をお持ちになって、専門家に相談して下さい。

すぐに事情を確認して、専門家に相談してください

「母の知らない間に」とのことですが、抵当権を設定するには、所有者である母の意志、言い換えると、少なくとも母の印鑑証明、司法書士等に対する委任状が必要となります。
ですから、本当に「知らない」ということであれば、例えば長男が勝手にこれらを用意したと言うことになり、非常に大きな問題となります。
このまま相続が開始すると、長女、次女が相続する土地建物に根抵当権がついてくることとなります。
勝手に根抵当権を設定されたのであれば、速やかにこれを抹消してもらう必要がありますので、早急に母、長男に事実関係を確認して、弁護士や司法書士のところに相談に行ってください。

事実関係を知らせてください

相談されている方は二女の方でよろしいですか。
相続人と書かれていますが被相続人は父ということですか？
遺言書がありますが遺言者は母ですか？
土地建物以外に財産はありませんか。会社がありますが会社の株主は誰ですか？
兄が会長、長女の息子が社長ということですが実質経営権はどちらにありますか。？
母が知らない間ということですが、母は全く抵当権設定に関与していないのですか？
設定額はいくらですか。？

以上不明なところが多数あるので適切な回答ができませんが、母の知らない間に根抵当権を付けられたということでは、母が根抵当権設定は無効だと主張しそ抹消を請求することが考えられます。
ただし、そんなことをすると親族間の紛争ということになりますし、根抵当権者である債権者からも会社に返還を請求されるなど大問題になります。
兄がその不動産を相続し、長女と次女は他の財産を相続するということが現実的と思われます。